Truyện Mật Mã Phù Thủy, chuyện nói về một nữ sử gia đồng thời là một học giả hóa học trẻ tuổi và tài năng đang miệt mài nghiên cứu giữa đống cổ thư trong thư viện nổi tiếng.

Cô vô tình cầm một bản thảo cổ xưa về thuật giả kim, cầm cuốn sách lên xem. Ngay lập tức, cô nhận ra nó có một sức mạnh bí ẩn vô cùng lôi cuốn và huyền bí. Thực tế, cô còn là hậu duệ của một dòng dõi phù thủy lâu đời và xuất chúng, song cô không muốn thừa nhận và sử dụng năng lực siêu nhiên của mình.

Và bao nhiêu năm qua, cô đã cố gắng sống như bao cô gái bình thường khác. Chính vì thế, sau một thoáng lướt qua cuốn đó, cô đã trả nó lại cho thư viện và lờ đi những linh tính phù thủy của mình.